学院历经变迁，1958年森林工业系设森林采伐与运输机械化专业、木材机械加工专业和林产化学工业专业共三个本科专业。1965年新增林业机械专业招生58名。1975年5月，木工、林化专业从森林工业系分出，成立林产工业系，原森林工业系只剩下采运专业。1987年，增设林区道路与民用建筑专业(专科)；1990年，森林采伐与运输机械化专业更名为森林采运工程专业；1991年，林区道路与民用建筑专业更名为房屋建筑工程专业(专科)；1993年，森林采运工程专业更名为森林工程专业。1993年，增设计算机及应用专业(专科)；1995年，计算机及应用专业分出成立计算机科学系，2001年更名为计算机与信息学院。1995年，增设交通土建工程专业；1996年，增设交通工程专业；1999交通土建工程专业更名为土木工程专业；2000年，房屋建筑工程专业(专科转为高职专业)，增设交通运输专业。

       2000年10月两校合并成福建农林大学后，现在交通与土木工程学院设有全日制本科专业6个，即森林工程、土木工程、交通工程、交通运输、工程管理和物流工程专业。此外，学院还与台湾地区高等院校均有交换学生合作项目，实行双校园、跨专业培养模式，培养掌握扎实基础理论知识和专业技能的国际化高级人才。

  交通与土木工程学院本专科专业变化，见附表。

学院本专科专业变化